高校的这种身份转换也衍生出了许多问题，不仅包括学生管理制度、此前媒体普遍关注的“高校卖地”问题，甚至学生在诉诸法律时，高校的主体资格也会影响到学生的直接权益。
对于学校在对学生的管理中产生的纠纷，司法实践中的主要做法是将高校作为行政主体，周泽认为将高校界定为民事主体更能反映学校的实际地位和性质，维系高校与学生关系的，是一种特殊的契约，对于学生来说，进入一个学校就意味着接受学校规章制度的约束。遵守学校规章制度是学生对学校不言而喻的承诺，学校根据学校的规章制度对学生进行管理，是一种权利而不是权力。教育法中规定学校的自主管理权也是作为“权利”来规定的。
在和学校的对抗中，学生是弱势群体，若学生的合法权益受到损害后，在目前的高校体制内很难找到救济的途径，所以有必要保护学生的权益。但是另一方面是高校的自主管理权不容破坏，而且高校也拥有一定的裁量权和管理权，两方博弈也造成了高校管理学生的诸多难题。
高校拥有自主管理权，也就拥有自由裁量权，但是这个权力有多大，一直是学界争议的焦点。“法律是否应当就一些基本的问题划出一条底线，且又该划在哪里?”湛中乐说道，“学校可以开除学生，但是必须要有严格的法律法规来界定，我国法律中恰恰没有一个明确的界定”。
高校自主管理权带来的矛盾只能寄希望于司法解释和立法的明确确定。
周泽建议各个学校都应该建立一个有学生代表、老师代表和学校管理者参与的委员会，专门就学生违纪这样的问题进行处理，并且学校要严格按照规定办事，给与受到处分的学生申诉和听证的权利。“给与学生什么样的处分，只需要由学校内部决定。对学校开除学生这样的事，教育行政部门和司法部门根本不应该干预。”
另外，目前我国民办高校存在许多问题，包括有些学校没有授予学位的权利，有些学校的文凭国家不承认。引起这些问题的原因要归结到制度层面，国家学位制度和国家学业证书制度也造成了公立高校和非公立高校的不平等地位。湛中乐认为，目前我国实行的是国家学位制度和国家学业证书制度，国家在学校教育中起着主导作用，高校的自主权存在着较大的限制。但随着我国教育水平的提高和国际交往的日益增多，建立大学学位制度的呼声也越来越高。
“由于行政权力的干预，高校被分为三六九等。但对于高校来说，其学历和学位绝不应以国家承认不承认来确定其价值。”周泽认为，学校其实就是一个人才生产单位，其产品取决于社会的认可，而不应该由国家以行政许可的方式赋予不同学校不同的地位和身份，从而不同学校的学生也被教育行政部门的行政许可而处于不同的地位。
“对于国家来说，只需要从法律的层面对办学设定具体的条件，并对照办学条件去监管学校是否符合要求就可以。凡是依法成立的学校，对其学历、学位都应该享有法律上的平等地位。国家不必要来特许哪个学校有颁发国家承认的学历、授予学位的资格。”作者：李亮
